カフェと喫茶店の区別は、しばしば雰囲気に関連しています。一般的に、「カフェ」は洒落た雰囲気で、店内が明るく、一方で「喫茶店」は昭和時代のレトロな雰囲気が漂うことがあります。また、「カフェ」ではセルフサービスや半セルフサービスが一般的で、顧客が自分で注文を取りに行ったり、食事を運んだりします。対照的に、「喫茶店」では店員が席まで注文を取りに行くことが一般的です。このような雰囲気やサービスの違いによって、人々はこれらの店舗を区別することがあります。
ただし、外見だけで判断することはできず、いくつかの「カフェ」は「喫茶店」のように感じられ、逆に「喫茶店」も「カフェ」のように感じられることがあります。
しかし、実際の違いは営業許可に関連しています。具体的には、飲食店営業許可を持つ店舗は通常「カフェ」と呼ばれ、一方で喫茶店営業許可を持つ店舗は通常「喫茶店」と呼ばれます。通常、喫茶店営業許可を取得するのは比較的容易ですが、その一方で、この許可ではアルコールの提供や単純な加熱以外の調理全般は許可されていません。そのため、喫茶店が提供できるものは、主にコーヒーや紅茶などの飲み物、お菓子、果物、軽食などに限られます。一方、「カフェ」はアルコールを含む飲み物を提供できるだけでなく、料理も提供できることがあります。料理はしばしば「カフェ飯」と呼ばれ、多彩な選択肢があります。
ただし、店名に「喫茶店」という言葉が含まれていても、必ずしもその店が「喫茶店営業許可」を持っているわけではなく、「カフェ」の営業許可を持つ店舗も存在します。同様に、「カフェ」の名前を持ちながら実際には「喫茶店営業許可」を持っている店舗も存在します。また、飲食店営業許可を持っているからといって、必ずしもアルコールや食事を提供しなければならないわけではありません。一部の店舗は喫茶店のように飲み物や軽食程度のメニューしか提供せず、「喫茶店」を名乗っていても、実際には「カフェ」として営業していることもあります。したがって、店舗の実際の性質は外見や名前だけで判断することは難しいことがあります。